• facebook
  • Linkedin
  • youtube

Пасля таго, як у 1996 г. амерыканскі навуковец Эрык С. Лэндэр афіцыйна прапанаваў аднануклеатыдны палімарфізм (SNP) у якасці малекулярнага маркера трэцяга пакалення, SNP шырока выкарыстоўваецца ў аналізе асацыяцыі эканамічных прыкмет, пабудове карты біялагічнай генетычнай сувязі і скрынінгу патагенных генаў чалавека., Дыягностыка і прагназаванне рызыкі захворвання, індывідуальны скрынінг лекаў і іншыя біялагічныя і медыцынскія даследаванні.У галіне селекцыі таварных культур выяўленне SNP можа рэалізаваць ранні адбор неабходных прыкмет.Гэты адбор мае характарыстыкі высокай дакладнасці і дазваляе эфектыўна пазбягаць умяшання марфалогіі і фактараў навакольнага асяроддзя, тым самым значна скарачаючы працэс гадоўлі.Такім чынам, SNP гуляе велізарную ролю ў галіне фундаментальных даследаванняў.

Адзінкавы нуклеатыдны палімарфізм (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) адносіцца да з'явы, калі існуюць адзінкавыя нуклеатыдныя адрозненні ў адной і той жа пазіцыі ў паслядоўнасці ДНК асобін аднаго або розных відаў.Устаўка, выдаленне, пераўтварэнне і інверсія адной базы могуць выклікаць гэтую розніцу.У мінулым вызначэнне SNP адрознівалася ад вызначэння мутацыі.Варыянтны локус патрабуе, каб частата аднаго з алеляў у папуляцыі была большай за 1%, каб яго можна было вызначыць як локус SNP.Аднак з пашырэннем сучасных біялагічных тэорый і прымяненнем тэхналогій частата алеляў больш не з'яўляецца неабходнай умовай для абмежавання вызначэння SNP.У адпаведнасці з дадзенымі аб варыяцыях адзінкавых нуклеатыдаў, уключанымі ў базу дадзеных Single Nucleotide Polymorphisms (dbSNP) пры Нацыянальным цэнтры біятэхналагічнай інфармацыі (NCBI), таксама ўключаны нізкачашчынныя ўстаўкі/выдаленні, варыяцыі мікрасатэлітаў і г.д.

Малекулярная маркіроўка SNP і выяўленне1

У арганізме чалавека частата ОНП складае 0,1%.Іншымі словамі, на 1000 пар асноў прыпадае ў сярэднім адно месца SNP.Нягледзячы на ​​​​тое, што частата з'яўлення адносна высокая, не ўсе сайты SNP могуць быць кандыдатамі ў маркеры, звязаныя з прыкметамі.У асноўным гэта звязана з месцам, дзе адбываецца SNP.

Тэарэтычна SNP можа сустракацца ў любым месцы паслядоўнасці геному.SNP, якія адбываюцца ў вобласці кадавання, могуць выклікаць сінанімічныя мутацыі і несінанімічныя мутацыі, гэта значыць амінакіслата змяняецца ці не змяняецца да і пасля мутацыі.Змененая амінакіслата звычайна прыводзіць да таго, што пептыдны ланцуг губляе сваю зыходную функцыю (міссенс-мутацыя), а таксама можа выклікаць перапыненне трансляцыі (бессэнсоўная мутацыя).SNP, якія ўзнікаюць у некадуючых абласцях і міжгенных абласцях, могуць уплываць на сплайсінг мРНК, склад некадзіруючай паслядоўнасці РНК і эфектыўнасць звязвання фактараў транскрыпцыі і ДНК.Канкрэтныя адносіны паказаны на малюнку:

Тыпы SNP:

Малекулярная маркіроўка SNP і выяўленне2

Некалькі распаўсюджаных метадаў тыпізацыі SNP і іх параўнанне

У адпаведнасці з рознымі прынцыпамі агульныя метады выяўлення SNP дзеляцца на наступныя катэгорыі:

Класіфікацыйнае параўнанне метадаў выяўлення

Малекулярная маркіроўка SNP і выяўленне3

Заўвага: пералічаныя ў табліцы ў цяперашні час выкарыстоўваюцца больш распаўсюджаныя метады выяўлення SNP, іншыя метады выяўлення, такія як спецыфічная сайт-гібрыдызацыя (ASH), спецыфічны праймер пашырэння (ASPE), пашырэнне адной асновы (SBCE), спецыфічны сайт разрэзу (ASC), тэхналогія геннага чыпа, тэхналогія мас-спектраметрыі і г.д. не былі класіфікаваны і не параўноўваліся.

Кошт і час ачысткі нуклеінавых кіслот у прыведзеных вышэй некалькіх распаўсюджаных метадах выяўлення SNP непазбежныя.Аднак адпаведныя наборы, заснаваныя на тэхналогіі прамой ПЦР Foregene, могуць непасрэдна выконваць ПЦР або кПЦР-ампліфікацыю на неачышчаных узорах, што забяспечвае беспрэцэдэнтную зручнасць выяўлення SNP.

Прадукты серыі прамой ПЦР Foregene проста і груба апускаюць этапы ачысткі ўзораў, што значна скарачае час і выдаткі, неабходныя для падрыхтоўкі шаблонаў.Унікальная палімераза Taq валодае выдатнай здольнасцю да ўзмацнення і можа пераносіць розныя інгібітары са складаных асяроддзяў для ўзмацнення.Гэтыя характарыстыкі забяспечваюць тэхнічную гарантыю для атрымання высокаўраджайных спецыфічных прадуктаў. Наборы Foregene Direct PCR/qPCR для розных тыпаў узораў, такіх як: тканіны жывёл (хвост пацукі, даніо і г.д.), лісце раслін, насенне (уключаючы ўзоры поліцукрыдаў і поліфенолаў) і г.д.


Час публікацыі: 23 ліпеня 2021 г