Згодна з прынцыпам камплементарнага спарвання асноў ДНК, аранжавы зонд RARA і зялёны зонд RARA выкарыстоўваліся для гібрыдызацыі з паслядоўнасцю-мішэнню ДНК у ядры, а інфармацыя аб стане гена ў ядры назіралася і аналізавалася пад флуарэсцэнтным мікраскопам.