• facebook
  • Linkedin
  • youtube

Колькі ты ведаеш

Пра Нэкстракцыя нуклеінавай кіслаты

Пачатак і канец вычышчанай нуклеінавай кіслаты

Спачатку ўсё складана, больш за ўсё вычышчаная нуклеінавая кіслата

Пачатак малекулярных эксперыментаў для наступных эксперыментаў

Поспех або няўдача мае вырашальнае значэнне.

Шматлікія навуковыя даследчыкі аддаюць перавагу УФ-спектрафатометру Trace/Ultratrace, таму што ён можа проста, хутка і эканамічна вызначаць канцэнтрацыю нуклеінавых кіслот і рэшткі іёнаў бялкоў і соляў.

Як мы ўсе ведаем, A260 азначае значэнне OD паглынання нуклеінавых кіслот, A280 азначае значэнне OD паглынання канцэнтрацыі бялку, A230 азначае значэнне OD паглынання канцэнтрацыі іёнаў солі, таму A260 можа пераўтвараць канцэнтрацыю нуклеінавых кіслот, A260/280 азначае рэшткі бялку, A260/230 азначае рэшткі іёнаў солі, але гэта проста правіла, выяўленае даследчыкамі на аснове вялікай колькасці вынікаў вымярэнняў, і гэта ”звычайныя» верыць, што гэта можа растлумачыць чысціню ДНК і РНКпэўнай ступені.Гэта не адзіны стандарт для ідэнтыфікацыі выхаду і чысціні нуклеінавых кіслот, ён выкарыстоўваецца толькі ў якасці эталона і не з'яўляецца «залатым стандартам».

derthfd (1)

Інструкцыя Thermo Fisher ND-2000 падкрэслівае надзейнасць вынікаў выпрабаванняў

Прычына ў тым, што вынікі, атрыманыя пры выкарыстанні мікра/ультрамікра УФ-спектрафатометра, адлюстроўваюць толькі выхад і чысціню нуклеінавай кіслаты збоку, і існуе мноства фактараў, якія ўплываюць (аптычны шлях, аб'ём пробы, канцэнтрацыя пробы, значэнне pH, іншыя іёны, якія ўплываюць на вымярэнне паглынальнай здольнасці і г.д.), вымеранае значэнне OD неабавязкова дакладнае.У той жа час з-за адсутнасці спецыфічнасці матэрыялу для вызначэння значэння паглынання адналанцуговая ДНК, двухланцуговая ДНК, РНК, dNTP і некаторыя вавёркі маюць пікі паглынання пры даўжыні хвалі 260 нм, і канцэнтрацыя, вызначаная толькі A260, не абавязкова з'яўляецца сапраўднай ДНК або РНК.Нельга судзіць аб канцэнтрацыі, яе цэласнасці і дэградацыі.

Такім чынам, як судзіць аб якасці нашай вычышчанай нуклеінавай кіслаты?У дадатак да выкарыстання мікра/ультрамікра УФ-спектрафатометра для выяўлення неабходныя такія метады, як электрафарэз у агарозным гелі, каб візуальна адлюстраваць чысціню і цэласнасць нуклеінавай кіслаты, а таксама вызначыць канцэнтрацыю ў пэўнай ступені.Такім чынам, выхад і чысціня нуклеінавых кіслот, атрыманыя з вынікаў выяўлення рознымі метадамі, заслугоўваюць даверу.

Параўнанне эксперыментальнай дыяграмы

derthfd (2)

Геномная ДНК клетак H1299 была выдзелена з выкарыстаннем набораў для экстракцыі ДНК кампаніі А, і было заўважана значнае забруджванне прымешкамі, што прывяло да высокіх значэнняў OD

(Значэнне вымярэння OD і адпаведная электрафераграма)

Індэкс ацэнкі

Ці існуе «залаты стандарт» для тэставання выхаду нуклеінавых кіслот і якасці?

Наколькі нам вядома, простага, хуткага і таннага метаду не існуе.Няхай гэта будзе спектрафатометр, гель-электрафарэз або мас-спектраметрыя, усе яны адлюстроўваюць канцэнтрацыю і чысціню нуклеінавай кіслаты ў растворы з розных аспектаў, і іх трэба ацэньваць, спасылаючыся адзін на аднаго.

Лепшы паказчык ацэнкі заўсёдынаступнае эксперыментальнае прымяненне.Гэта не ўплывае на эфектыўнасць зваротнай транскрыпцыі і ПЦР-ампліфікацыі.Атрыманне надзейных прадуктаў ампліфікацыі і значэнняў Ct, а таксама атрыманне поўнай паслядоўнасці шляхам секвенирования - гэта паспяховая экстракцыя нуклеінавых кіслот.

Падводзячы вынік, пункт гледжання тэорыі толькі каэфіцыентаў варта аспрэчыць пунктам гледжання «выкарыстання добрых выніковых эксперыментальных вынікаў у якасці добрых параметраў экстракцыі»!

Рэкамендуемыя Foregene наборы для экстракцыі ДНК/РНК для атрымання высокай чысціні ДНК/РНК:

https://www.foreivd.com/reagent/dna-isolation-series/

https://www.foreivd.com/reagent/rna-isolation-series/


Час публікацыі: 14 снежня 2022 г